Em 1941, mais de 98.000 novos Mercury foram construídos para suprir a demanda, para um total de 155.000 veículos vendidos desde a apresentação do Mercury Eight. De 1942 a 1945 A Mercury interrompeu grande parte de sua produção por causa da Segunda Guerra Mundial. Depois da guerra, Henry Ford separou a Mercury da Ford e estabeleceu a Lincoln Mercury. Pela primeira vez, Mercury tinha seus próprios veículos. Por causa da guerra, os modelos 1946 eram modelos 1942 com pequenas modificações. 1947 aumentou produção para mais de 86.000 veículos. Em 29 de abril de 1948, Lincoln Mercury apresenta o primeiro Mercury totalmente novo do pós-guerra.